Uurimistöö Leonbergerite geneetilisest varieeruvusest ja populatsiooni struktuurist

2020. aasta oktoobri keskel avaldati mainekas teadusajakirjas Genetics Selection Evolution põhjalik uurimistöö Leonbergerite tõu geneetilise mitmekesisuse hetkeseisust.
Uuring valmis Ameerika Ühendriikide, Hollandi ja Šveitsi teadlaste koostöös ning põhineb Hollandis loodud tõuandmebaasi andmetel ning tuhandete leonbergeriomanike ning -kasvatajate poolt terviseküsitluse käigus avaldatud informatsioonil. Analüüsi tulemusena saadud ülevaade tõu sugulusaretuse olukorrast, mida toetab ulatuslik kaardistatud geeniinfo, annab esmakordselt objektiivse aluse edaspidisteks aretusotsusteks.

Uurimistöö aluseks olid 142 072 koera sugupuuandmed, 1 203 koera SNP array geenitest ning 39 leonbergeri täielikult kaardistatud genoomiandmed (WGS). Analüüsi käigus tuvastati 22 unikaalset isendit (tõu alusepanijat) ja paljastus ilmne populaarsete matadoorisaste mõju (uuringus käsitleti sellisena isast, kellel on üle 33 järglase).
Keskmine andmebaasiandmetel põhinev sugulusaretuse määr 0,29 ning Mean Kinship 0,31 näitavad geneetilise varieeruvuse dramaatilist kadu. Koerte keskmine eluiga on 9,4 aastalt 1989. aastal vähenenud 7,7 aastani 2004. aasta seisuga.
Terviseküsitluse andmetest (vastuseid saabus 2726 leonbergeri kohta) selgus erinevate vähivormide ning neuroloogiliste probleemide laialdane esinemine.

Analüüsi tulemusel jõuti järgmiste järeldusteni – Leonbergerite populatsiooni arvukuse kasvuga peale möödunud sajandi 40-ndate aastate pudelikaela on käinud kaasas oluline geneetilise varieeruvuse langus. Selle põhjuseks on populaarsete matadoorisaste laialdane kasutamine ja sellest tingitud sugulusaretuse kõrge tase. Mis omakorda võib selgitada mõnede terviseprobleemide laialdast levikut populatsioonis, aga neid põhjustada võivaid konkreetseid geenivariatsioone ei ole leitud.

Praeguse geneetilise varieeruvuse taseme säilitamine on võimalik ainult tehes informeeritud aretusotsuseid, esmajoones tuues aretusse rohkem erinevaid isendeid, vältides korduspaaritusi ning populaarsete matadoorisaste kasutamist ja piirates üksikisenditele lubatud pesakondade arvu. Potentsiaalsete aretuspartnerite valikul on oluline minimeerida vanemate ühiste eellaste olemasolu, et hoida madalal sugulusaretuse määr, ka on kasvatajatele abiks Mean Kinship näitajad. Lisaks võib tõu pikaajalise geneetilise varieeruvuse optimeerimisel, heterosügootsuse tõstmisel ning populatsiooni jätkusuutlikkuse ning tervise säilitamisel abi olla ettevaatlikust ning hästijuhitud tõuristamisest.

Kogu uurimistöö (Genomic diversity and population structure of the Leonberger dog breed) on leitav SIIN